藏醫學對人體解剖和生理學研究極為深刻，而且歷史悠久，在世界各種傳統醫學體系中，藏醫可以說是最系統、完整和先進的一種。早在公元8世紀初，吐蕃王朝侍醫比吉·贊巴希拉，編繪《尸體圖簽》二十六章、《尸體部分圖》、《活體及尸體測量》等。公元10世紀，宇妥薩瑪·云丹貢布在傳講《四部醫典》時，曾親自繪制人體骨骼結構圖，并編纂了《人體臟腑解剖圖》等。公元14世紀藏醫北方學派的著名藏醫學家昌迪·班旦措杰，在人體解剖學和解剖圖的繪制方面造詣頗深，并在總結前人知識的基礎上編著了《解剖明燈》等解剖學專著。另外外著名藏醫解剖學家瑪吉了珍，通過對人體解剖學的深入研究，編著了《解剖論》一書，系統地介紹了人體的五臟六腑及人體的計量。尤其是人體皮層有7層的描述與現代醫學只能用顯微鏡說明的結果完全一致。

藏醫人體解剖學大致有以下內容：（1）七大物質基礎；藏醫理論認為人體內有“龍”、“赤巴”、“培根”三大因素和“飲食精微、血、肉、脂肪、骨、骨髓、精液”七大物質基礎，以及“糞便、尿、汗”三種排泄物。三大因素主宰并支配著七大物質基礎和三種排泄物的運動變化。三大因素主宰并支配著七大物質基礎和三種排泄物的運動變化。七大物質在人體內應保持一定的量，并相互要協調和保持平衡，任何一種物質的量失去平衡都將引起人體發生疾病。按《四部醫典》中的計量方法來計算，比如在正常情況下人的腦髓量為2棒（雙手合并作碗狀為棒），肌肉量男性約合500拳（握拳狀為一拳），女性多20拳，約合520拳，體內的血液量不論男女，其量均為14棒，脂肪量為4棒等等。在七大物質基礎中飲食精微最重要，其他六種物質是依賴于它而生成，即食物進入胃口，通過主咀嚼的“培根娘吉”和主生化的“赤巴久吉”，主分“精”“濁”的龍米娘”三種主消化和吸收作用的消化機能，消化分解出食物的精微再有精微轉變成血，依次血轉化肉，肉轉化脂肪，脂肪轉化骨，骨轉化骨髓，骨髓轉化為精液。由于內、外因素引起胃中三種主消化和吸收機能的失調或盛衰是導致胃病的主要因素，同時也直接關系到人體其他部位的盛衰，所以藏醫有“胃腑如田，時刻養胃。識此者為維護生命的良醫也”之說。血是維持生命的要素。肉是組成身軀、保護臟腑的圍墻，骨是身軀的支架，骨髓生精，精則能繁衍后代。三種排泄物是人體正常生理活動的新陳代謝的產物，七大物質基礎，三種排泄物的變化活動，都受到三大因素的支配。

2、人體內的器官，藏醫認為也有五臟六腑。 五臟指心臟、肝臟、脾臟、肺臟和腎臟，六腑指大腸、小腸、胃、膀胱、膽和三姆斯吾。對于各臟器的生理功能，古代藏醫用生活中的各種活動和所需的用品來作比喻。如：心臟---國王，端坐在寶座上，居人體胸腔的正中；肺臟---猶如大臣和太子，圍繞著君王；肝臟和脾臟---似君王的大、小后妃，遠處在君王下端，介關系又很密切；腎臟---像一座房屋的脊梁，沒有它身體就不能成一棟大廈，它又如一國中的外戚。三姆休---相當于中醫的三焦。但藏醫認為，它在男性指精囊，在女性指卵巢，猶如一國中的珍寶庫；胃---等于一個家庭中的炒鍋，是用來盛裝食物的，且負責把食物煮熟；小腸、大腸---在一個國家中，它的位置相當于王后的奴仆；膽---是一個風皮袋，內可盛裝重要的東西；膀胱---在一個家庭中，好比一個儲水罐，用來盛裝水。

3、藏醫認為，人體上有360塊骨頭，這與現代醫學骨頭有206塊的說法有所不同，其原因是統計方法上與現代醫學不完全相同，其一藏醫把指甲、牙齒均列入其中，其二兒童的骨頭與成人的骨頭數量也不相同，兒童比大人多12塊，實際上應是218塊，加上指甲、牙齒也就是360塊骨頭。

4、傳統藏醫還詳細敘述了人體內的一些管線系統，即脈管，可分為黑白兩種脈。其中白脈十分重要，事實上相當于現代醫學所說的神經。白脈起自腦部，《四部醫典》中這樣描述："從腦部脈的海洋里，像樹根一樣向下延伸，司管傳導的脈有19條。"如受傷或患病，則可引起肢體的運動失調。關于黑脈，則相當于血管，認為它象樹枝一樣，有的與臟腑相連，有的與皮膚肌肉相連，更有微細的脈道遍布于全身。作為一種傳統醫學，藏醫在當時還缺乏精巧的儀器，難于有今天這樣精密而科學的認識，但從上面的敘述可以看出，古代藏醫已對人體比較精確的認識，也進一步說明了其理論的科學性。